有些农民为节省人工将农药与化肥一起施入土壤，起到防虫治病的作用，这种做法一定要了解化肥使用的禁忌与注意事项。
   化肥和农药不能混合施用的有：碱性农药如波尔多液、石硫合剂、松脂合剂等不能与碳酸铵、硫酸铵、硝酸铵、氯化铵等铵态氮肥或过磷酸钙混合，否则易产生氨挥发或产生沉淀，从而降低肥效；碱性化肥如氨水、石灰、草木灰不能与敌百虫、乐果、速灭威、甲胺磷、托布津、岗井霉素、多菌灵、叶蝉散、杀虫菊脂类杀虫剂等农药混合使用，因为多数有机磷农药在碱性条件下易发生分解失效；化肥不能与微生物农药混合，因为化学化肥挥发性、腐蚀性强，若与微生物农药如杀螟杆菌、青虫菌等混用，易杀死微生物，降低防治效果；含砷的农药不能与钾盐、钠盐等混合使用，例如砷酸钙、砷酸铝等若与钾盐、钠盐混合，则会产生可溶性砷，从而发生药害。
   过磷酸钙与草木灰、石灰氮、石灰等碱性肥料混用会降低磷肥有效性，磷矿粉、骨粉等难溶性磷肥，也不能与草木灰、石灰氮、石灰等碱性肥料混用。这是因为混用会中和土壤内的有机酸类物质，使磷肥更难溶解，作物无法吸收利用。
   碱性肥料若与铵态氮肥料如碳酸氢铵、硫酸铵、硝酸铵、氯化铵等混施，则会增加氨的挥发损失、降低肥效。
   化学肥料有较强的腐蚀性、挥发性和吸水性，若与根瘤菌等细菌性肥料混合施用，会杀伤或抑制活菌体，使细菌性肥料失效。
   有些化肥不宜作种肥：含有害离子的肥料氯化铵、氯化钾等化肥含有氯离子，施入土壤后，会产生水溶性氯化物，对种子发芽和幼苗生长不利。
   硝酸铵和硝酸钾等肥料中含有硝酸根离子，也不宜用作种肥；对种子有腐蚀作用的肥料碳酸氢铵具有腐蚀性和挥发性，对磷酸钙含有游离态的硫酸和碳酸，两者对种子都有强烈的腐蚀作用。如必须用作种肥，应避免与种子接触，可将碳酸氢铵施在播种沟之下或与种子相隔一定的土层，或将过磷酸钙与土杂肥混合施用；对种子有毒害作用的肥料尿素在生产过程中，常产生少量的缩二脲，含量超过2％时，对种子和幼苗会产生毒害。