秸秆还田的另一个重大问题是秸秆的腐烂问题。春季秸秆还田后随着气温升高秸秆逐渐腐烂，同时产生硫化氢、甲烷等有害气体。由于水稻生长期必须保持水层，这些有害气体无法排除，对水稻根系的发育产生毒害，造成早衰、倒伏、减产。这也是稻农排斥秸秆还田技术的另一个重要原因。

研究表明如果能避免这个问题，秸秆还田一般可以增产7%左右。而且北方气温低，秸秆全量还田后每年秸秆腐烂量很难超过40%，秸秆腐烂过程中还存在同水稻争氮的问题。

而秋季耙浆秸秆还田后，把秸秆与土、水混合在一起，为秸秆腐烂创造了条件，并且能有效地提升春季表层土壤温度（约0.5-1摄氏度）。这使得收获至上冻和春天化冻至插秧这两段大约3个月的宝贵时间得到利用。插秧前秸秆在没有水层的情况下逐步腐烂，释放了大部分有害气体，最大程度避免同水稻争氮。试验结果表明，到插秧时节秸秆已经基本腐烂，对水稻缓苗和分蘖没有影响。

近几年，各试验点的除草效果差异很大，如果秋季耙浆后春季不耙直接插秧或深度不超过5厘米的轻耙除草效果好，反之，如果春季耙浆深时效果就差。据分析，秋季耙浆其中土壤表层的草籽失去发芽能力更严重，而土壤深层的草籽冻死较轻。如果春季耙浆深度过深，会把深层土壤中的草籽翻到地表，导致除草效果差。总之这项研究还在进行当中，很多机理应通过试验进一步明确，各种现象需要科学的解释。例如，各类草籽、虫蛹、病菌在不同含水量条件下的低温耐受能力变化、如何更好地利用收获后插秧前这段时间促进秸秆更快的腐烂、秋季耙浆还田后施肥管理技术的改进等，这些都是丰富和完善这项技术的关键。

通过实际调查的结果来看，秋季耙浆秸秆全量还田技术对加速秸秆腐烂、水田土壤改良和病虫草害防治方面的巨大作用是毋庸置疑的。这项技术的应用将对于减少秸秆焚烧，农业可持续发展及水稻增产增效产生划时代意义。希望引起相关部门足够的重视，组织力量进行深入研究、大面积推广。